Часовня была заложена в 1896 году в память бракосочетания Николая II и Александры Федоровны. Примечательно, что расположена она на месте, где в 1837 году император Николай I объявил указ о присвоении Ялте статуса городу. Торжественное освящение часовни произошло 6 декабря 1896 года. В 1932 году она была разрушена. Работы по восстановлению часовни начались лишь в 2001 году.
Восстановленная святыня стала местом молитвы за всех, кто находится в море: моряков, рыбаков и просто путешественников.